Laut Barat Sumatera dan Selatan Jawa adalah rumah bagi berbagai macam jenis habitat karang di sepanjang pesisir Samudera Hindia, dan keragamannya lebih baik dibandingkan kawasan ekologi Samudera Hindia di negara lainnya. Lokasi ini menjadi habitat penting bagi Penyu, Mega-Mouth Sharks yang status keberadaannya kritis, Duyung, berbagai jenis Paus dan Lumba-Lumba, juga menjadi jalur migrasi bagi beberapa spesies Great Whales. Kawasan ini selanjutnya berfungsi sebagai "reservoir" terumbu karang dengan rentang distribusi terbatas di Samudera Hindia atau bagian-bagiannya, termasuk wilayah Selatan Jawa hingga Lesser Sunda di bagian timur. Wilayah hutan bakau berperan penting sebagai tempat peristirahatan di jalur migrasi berbagai jenis burung. Lokasi yang berpotensi untuk kegiatan konservasi antara lain Pantai Pangumbahan, Selat Sunda/Kepulauan Seribu, dan wilayah Ujung Kulon di sekitar Selat Sunda.