Wilayah Lesser Sunda berfungsi sebagai rute migrasi dari Samudera Pasifik menuju Samudera Hindia. Wilayah ini sangat penting bagi banyak satwa yang terancam punah, termasuk Paus, Duyung, Penyu, dan Lumba-Lumba. Pembalikan massa air bersuhu rendah di sepanjang garis pantai selatan mendorong tingginya produktivitas primer yang membentuk rantai makanan dasar bagi ikan pelagis besar dan Cetacea, termasuk Paus Biru. Wilayah ini selanjutnya menjadi prioritas konservasi global karena menjadi habitat bagi 76 persen spesies terumbu karang, lebih dari 3,000 spesies ikan, dan berbagai spesies Penyu, Cetacea, Hiu, dan ikan yang terancam punah seperti Ikan Napoleon.