Kembali

Photo By : Administrator

Administrator



DNA Badak Jawa: Menelisik Kekerabatan, Penentu Masa Depan

Posted by Anastasia Joanita on 20 September 2019
Author by WWF-Indonesia/Gita Alvernita dan Kania Dewi Rahayu

Sebuah berita kematian Badak Jawa dalam dua tahun terakhir ini menyeruak di media yaitu di tahun 2018 dan 2019. Ini merupakan hal yang sangat mengejutkan karena hanya berselang satu tahun setelah kematian badak Samson di Bulan April 2018, kita kehilangan badak jantan muda bernama Manggala, pada Bulan Maret 2019. Kematian Manggala ditemukan pertama kali oleh tim Rhino Health Unit (RHU) yang sedang melakukan kegiatan trajectory, guna mengoleksi sampel feses untuk penelitian DNA Badak Jawa. Apa itu trajectory? Metode trajectory adalah metode monitoring Badak Jawa secara intensif dimana tim di lapangan akan mengikuti target individu Badak Jawa untuk diambil sampel fesesnya (fecal sampling). Menurut supervisor tim RHU, drh. Zulfiqri, Wildlife Health Monitoring Specialist WWF-Indonesia Program Ujung Kulon, awalnya target individu badak yang hendak mereka ikuti dan amati untuk periode itu bukanlah Manggala, melainkan Dipati, badak jantan dewasa yang beberapa kali tertangkap kamera jebak di grid tersebut, akan tetapi belum sempat mereka menemukan Dipati, tim malah menemukan bangkai Manggala di kubangan.

Penelitian DNA Badak Jawa merupakan program Taman Nasional Ujung kulon (TNUK), dan dalam pelaksanaannya berkolaboarasi dengan WWF-Indonesia yang diproyeksikan sebagai program utama divisi spesies WWF-Indonesia Program Ujung Kulon. Hal ini dikarenakan pentingnya data genetik untuk mengetahui kekerabatan antar-individu Badak Jawa dalam suatu populasi. Terlebih dengan keadaan Badak Jawa hanya memiliki populasi tunggal dan kecil di TNUK.

Dengan kerentanan daya dukung habitat TNUK yang telah teridentifikasi, tentunya menjadi risiko yang sangat besar untuk tetap menjaga populasi Badak Jawa, bila hanya ada satu kantong populasi saja. Wacana populasi kedua tetap menjadi solusi terbaik dalam penyelamatan Badak Jawa, namun data profil genetik individu Badak Jawa juga tetap dibutuhkan, karena akan sangat membantu dalam pemilihan individu yang akan dipindahkan ke kantong populasi kedua. Pemetaan profil genetik Badak Jawa juga bisa menjawab seberapa besar tingkat kawin sedarah (inbreeding) yang terjadi di populasi Badak Jawa yang selama diasumsikan telah terjadi mengingat pada kondisi populasi kecil, risiko inbreeding sangatlah besar.

Sebuah penelitian hasil kolaborasi antara TNUK, Eijkmann Institute, Yayasan Badak Indonesia (YABI) dan WWF-Indonesia Program Ujung Kulon pada tahun 2014, dilakukan dengan mengambil sampel feses badak secara acak untuk menilai ukuran populasi individu Badak Jawa. Dari penelitian tersebut, didapatkan 49 sampel feses yang dikoleksi secara acak. Melalui pendekatan pemeriksaan DNA, tim dapat mengidentifikasi 19 individu yang berbeda yang menghasilkan 2 jenis haplotype (karakter genotipe yang diwariskan dari salah satu orangtua) yang menunjukkan bahwa 19 individu tersebut berasal dari dua garis keturunan betina. Hal ini tentu menimbulkan kekhawatiran di antara para pegiat konservasi Badak Jawa, mengingat kecilnya keragaman genetik dari Badak Jawa yang ditemukan dan akan berimbas kepada penurunan kualitas genetik pada generasi Badak Jawa yang terbentuk. Ini menjadi dasar betapa krusialnya studi genetic, karena ada banyak hal yang dapat diungkap dengan menggunakan pendekatan pemeriksaan genetik.

Selama bertahun-tahun, TNUK dan tim WWF-Indonesia Program Ujung Kulon berusaha merumuskan target dan tujuan utama penelitian DNA Badak Jawa yang pada akhirnya terealisasi dengan menggandeng Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat Pusat Penelitian Sumberdaya Hayati dan Bioteknologi Institut Pertanian Bogor (LPPM PPSHB IPB) di tahun 2017 untuk penelitian genetik Badak Jawa. Tujuan utama dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan data profil genetik individu Badak Jawa yang dapat dipetakan kekerabatannya, sehingga menjadi dasar kebijakan dalam pemilihan individu untuk populasi kedua. Kolaborasi ini merupakan kolaborasi yang unik karena kerangka kerja pengambilan sampel di lapangan sangat mempengaruhi hasil yang didapatkan di laboratorium.

Sampel feses sebenarnya hanyalah salah satu dari berbagai jenis sampel biologis yang dapat digunakan untuk pemeriksaan genetik Badak Jawa seperti sampel darah, jaringan, kulit, daging, dan tulang. Idealnya sampel yang biasa digunakan adalah sampel darah, akan tetapi pengambilan sampel darah Badak Jawa dinilai bersifat invasif bagi Badak Jawa yang rentan akan stres. Usaha yang dilakukan untuk pengambilan sampel darah Badak Jawa juga cukup besar karena butuh kolaborasi dan kesepahaman multipihak akan prosedur dan efek samping yang akan timbul dari pengambilan sampel darah yang membutuhkan pembiusan dalam pengoleksiannya.

Fecal sampling dianggap sebagai metode non invasif dan yang paling ideal untuk dilakukan saat ini. Setiap bulannya sampel feses akan diambil oleh tim RHU yang melakukan trajectory. Metode trajectory akan menurunkan kemungkinan pengoleksian sampel secara acak yang dapat menyulitkan pemrosesan sampel di laboratorium. Setiap bulannya, tim RHU akan meninjau bersama dan memutuskan target individu di Balai TNUK untuk pengoleksian sample feses.
Di laboratorium, sampel feses akan diproses melalui tahap ekstraksi DNA. Ekstraksi DNA adalah teknik untuk mengeluarkan DNA dari dalam sel termasuk dari dalam inti sel, sehingga kita bisa mendapatkan DNA nya saja untuk diuji. Sampel feses Badak Jawa yang masih kaya akan sisa pakan yang tidak tercerna, membutuhkan metode pengolahan yang optimal sehingga DNA benar-benar dapat dikeluarkan. Hal ini berbeda dengan sampel darah yang telah terstandardisasi protokolnya karena dianggap lebih bersih dari kontaminan. Selanjutnya setelah DNA terekstraksi, maka DNA akan dinilai secara kualitatif dan kuantitatif untuk melihat kemurnian dan konsenterasi DNA. Indikator sebuah DNA yang terekstraksi bagus dapat terlihat dari pita DNA yang bersih pada saat visualisasi elektroforesis atau tidak terlihatnya pita yang lain seperti protein.

Setelah DNA berhasil didapatkan, maka DNA tersebut akan diperbanyak secara enzimatik dengan menggunakan PCR (Polymerase Chain Reaction).  Reaksi enzimatik adalah reaksi dengan melibatkan kerja enzim dalam PCR enzim yang terlibat adalah enzim Polimerase. Seperti halnya ekstraksi DNA, proses PCR juga membutuhkan protokol yang optimal. Hal inilah yang kadang membuat pemrosesan sampel lebih lama dari biasanya.

Selain itu marka atau penanda genetik yang tepat juga sangat menentukan proses analisis DNA termasuk DNA Badak Jawa. Apakah marka atau penanda genetik itu? Marka atau penanda adalah merupakan penciri individu dilihat dari karakteristik genetiknya (genotipe). Marka DNA inti meliputi mikrosatelit dan gen fungsional. Dalam populasi dengan keragaman yang kecil, mikrosatelit sangatlah berfungsi dalam membedakan individu yang satu dengan yang lainnya.
Untuk saat ini, penggunaan mikrosatelit dalam populasi Badak Jawa belum banyak digunakan. Hal ini menyebabkan isolasi mikrosatelit Badak Jawa masih menggunakan data badak Vietnam. Sulitnya mengembangkan mikrosatelit Badak Jawa dikarenakan sampel yang digunakan untuk pengembangan mikrosatelit adalah sampel darah, yang hingga saat ini belum pernah dikoleksi untuk Badak Jawa.

Analisis DNA untuk menghasilkan suatu profil DNA merupakan suatu pendekatan inovatif dalam upaya konservasi Badak Jawa. Melalui pendekatan ini, status kekerabatan Badak Jawa dapat diketahui dan terpetakan sehingga dapat mengurangi terjadinya perkawinan dengan sesama kerabat, sehingga dapat menghasilkan individu yang memiliki kesintasan DNA yang baik. Melalui pendekatan DNA, individu Badak Jawa yang memiliki kualitas genetik yang baik juga dapat termonitor. Hal ini akan dapat sangat membantu jika di masa yang akan datang program habitat kedua bisa terlaksana.

Memang, dalam praktiknya analisis DNA ini menghadapi berbagai kendala. Namun, ini merupakan suatu pendekatan yang masih dapat berkembang dan sangat menjanjikan dalam upaya konservasi Badak Jawa. Keberhasilan suatu program konservasi terkadang tidak hanya dilihat dari jumlah individu saja namun kualitas individu pun menjadi penting. Semoga dengan pendekatan molekular ini, masa depan konservasi Badak Jawa dapat dilakukan dengan lebih baik lagi dengan bekerja bersama dengan pemerintah dan mitra.


Cerita Terkini

Mendorong Masyarakat Sorong Selatan Menjaga Kekayaan Laut

Mendorong Masyarakat Sorong Selatan Menjaga Kekayaan Laut

Macan Tutul

Macan Tutul

FGD Seafood Savers dalam Kacamata Komunitas Marine Buddies

FGD Seafood Savers dalam Kacamata Komunitas Marine Buddies

Get the latest conservation news with email